大陸新版護照爭議持續在立法院延燒，
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，陸委會主委王郁琦昨天指出，
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，海基會已兩度去函抗議，
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，但對大陸稱是台灣少數人的看法等說詞，
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，他認為是「傷害全體台灣人民的感情」；至於兩岸兩會互設辦事處，
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，王郁琦表示，
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，屬非國家層面的領事館性質，派駐人員的權益保障將是協商重點。
立院內政委員會昨天審查兩岸關係人民條例等有關落實國際人權公約的委員提案，針對大陸新版護照後續，王郁琦在回答民進黨籍姚文智、陳其邁、李俊俋與台聯黨黃文玲等立委質詢時表示，海基會已於十一月廿三日將我方嚴正聲明傳真給海協會。
王郁琦表示，本月廿四日再次透過海基會傳真表達抗議，而海協會於廿六日回覆表示，「不過他們（海協會）也有提到，抗議基本上不能成立，因為他們（海協會）認為此事件是主張台獨的政黨，與某些人基於一邊一國的分裂立場來大做文章」。
對於海協有針對性的指涉，王郁琦嚴正表示，政府並「不認為是台灣少數人民或政黨的看法，新版護照傷害全體台灣人民的感情，若大陸當局沒辦法體認這一點，兩岸關係的正面發展會受到影響」。
王郁琦在回答國民黨籍立委吳育昇有關兩岸兩會互設辦事處時表示，議題仍在研擬中，是否提高層級或納入其他單位，要視未來發展，現階段以海基海協兩會互設為推動重點。
至於辦事處的性質，王郁琦指出，不會是國與國之間的領事館，但希望實際上能達到服務在大陸台商、台生與台灣民眾的效果，而爭取派駐當地人員能享有基本的權益保障，是未來與大陸協商重點之一。
在開放台商擔任大陸政協委員部分，政協的相關章程具有統戰成分，若非特邀、特聘政協委員，而是擔任一般政協委員，非常不妥也不適合，且違反兩岸人民關係條例規定，政府不能接受。，