海研五號研究船在澎湖海域遇難，
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，據傳海研五號除了從事海洋科學研究，
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，也兼任中科院的「雲峰」遠程飛彈遙測任務。這次觸礁沉沒，
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，可能將傷害國軍自主研發武器的計畫。
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，國軍一直致力發展地對地的中長程飛彈。受到彈道飛彈限制條約的約束，
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，「雲峰」飛彈並非飛出大氣層的彈道飛彈，
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，而是使用衝壓噴射引擎、在大氣層內超音速飛行的高速巡弋飛彈。
飛彈試射時，
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，必須在地表裝置追蹤裝置，
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，才能進行遙測，各遙測站還要相互比對資訊。國造飛彈試射，都在恆春半島東岸的屏東九鵬基地進行，以往除了基地本身，只在蘭嶼、綠島設有遙測站，缺乏遠距遙測點。
海研五號前年服役後，終於解決缺乏遠程遙測平台的問題。
船上可以裝置活動式的追蹤設施，航行到遠離台灣的公海上，對整個飛彈飛行的路徑進行追蹤。先前媒體報導指出，今年內中科院就要進行雲峰計畫的「全彈、全射程」測試，如今海研五號不幸沉沒，恐怕將對計畫進度造成打擊。
除了國防任務外，海研五號也正執行第二期「能源國家型科技計畫」，經濟部昨晚表示，主要目的是替台灣找尋具潛力的替代能源，中期為陸域、海域風電，長期則是深層地熱和天然氣水合物。海研五號意外對尋找替代能源計畫的影響還要評估。，