農業委員會轉投資的一些財團法人虧損嚴重，
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，如對外漁業合作發展協會、台灣區鰻魚發展基金會等，
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，會內人員可領高額年終獎金。漁業署署長沙志一指出，
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，這些會本身並無營業，
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，政府投入的母基金和預算都不足，
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，才會讓支出大過收入，
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，不能光看帳面數字指責。
沙志一表示，
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，這些單位的主要目的在協助政府委辦事項，
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，農、漁業措施多半是服務而非營業；近年政府財政困難、投入資金少，
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，看起來才虧損龐大。沙志一說，人事費是這些單位的最主要支出，現在景氣不好，外界認為他們享有高福利，這些批評對他們不公平。，