兩岸兩會互設辦事機構仍在談判中，
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，但海基會駐大陸辦事機構明年預算將編列近五億元，
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，北京、上海、廣州三機構正式職員總數約一百人，
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，館舍研擬先租後買方式。由於兩岸辦事機構法案尚未立法通過，
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，不列入海基會明年度預算書中，
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，安排動用行政院第二預備金支應。
陸委會和海基會明年度預算書已送到各立委辦公室，
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，但這兩本預算書中，
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，並沒有列入海基會駐大陸辦事機構的預算費用。
海基會發言人馬紹章表示，海基會駐大陸辦事機構的預算是採取「分階段」編列，有初步匡列預算和人數，還需要人事總處、主計總處等機關審查，目前尚未定案。
據了解，海基會駐大陸辦事機構包括人事費、房舍費、設備費等，總數約近五億元，比海基會明年預算編列三點二億元還多，也幾乎是陸委會明年預算編列十點三億元的一半比例；一位幕僚透露，「開辦第一年費用會高，之後逐年遞減。」
據指出，海基會駐陸機構人員採取精兵政策，北京、上海、廣州三機構的正式職員總數約一百人，按照「五十、廿五、廿五」的比例規劃，但第一階段北京先派駐十五人、上海七人、廣州七人，之後再逐步擴增人力。
在館舍方面，兩岸事務人員表示將採取「先租後買」方式，因為北京和上海的房租貴到嚇人，北京二環內的房子都很難找得到，隨著房租逐年飆高，雖然購置方式比較划算，但短時間不易找到合適館舍。
據幕僚表示，駐陸機構人員的薪資待遇將比照駐外人員，除了有駐外加給，另有補助房屋津貼、醫療保險等，人事費用將是一筆很大的開銷。但人事費用並非全掛在海基會項下，而是分別由各部會編列預算。，