檢察總長黃世銘在案件未偵結前面報馬總統，
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，被質疑違反偵查不公開；特偵組指出，
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，依刑事案件新聞處理要點規定，
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，偵查中案件有關公共利益者，
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，得適度發布新聞；特偵組未違法，
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，況且法務部也曾在廣大興案未偵結前開過兩次記者會說明案情。
有學者和媒體質疑，特偵組九月五日才對柯建銘涉及的貪瀆案「簽結」，但檢察總長黃世銘早在八月卅一日晚間即向總統報告關說案，涉嫌違反偵查不公開。
特偵組澄清，依檢察、警察、調查局偵辦刑案新聞處理要點規定，「案件尚未偵結前，如有為維護公共利益…，有必要時得適度發布新聞。」黃世銘本於重大司法風紀案對國家社會影響至鉅才面報總統，未違反偵查不公開。
特偵組指出，廣大興廿八號漁船案，在八月十七日偵結前，法務部曾在五月十日、十九日，兩次由政務次長陳明堂開記者會，公布偵查中的重要關鍵證物和說明案情，也都是依據相關新聞處理要點辦理。，