台北地檢署起訴黃世銘，
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，認為黃世銘在案件偵結以前即急於向總統報告，
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，破壞體制，
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，雖馬總統僅表示「尊重」，
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，但黃的作法，
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，是陷總統於不義，使人民產生元首干預司法的錯誤認知。
檢方指出，檢察官依據法律辦案，不容許破壞獨立性，但黃卻向總統報告並提供應秘密的資料，還以憲法44條作為無罪答辯的方向。檢方說，憲法44條是指在權力分立原則下，如憲政機關互有爭執，始由總統出面協商，但本案是個人事項，黃卻自行認定是行政不法，向總統報告，破壞體制。
檢方指出，黃提供總統的是刑事偵查案件，與其辯解的行政不法矛盾，如果只是因「涉案層級」太高即可依此方法辦理，則全國各檢察機關即可以在案子辦到一半，要求面報總統，置相關制度於不顧，如此一來，將使糾舉與行政合而為一。
檢方起訴書指出，檢察總長指揮全國檢察官，更應獨立行使職權，保持中立，嚴守程序，在案件程序終了前，必須嚴防跟杜絕任何勢力的介入。
台北地檢署還舉公務員服務誓言指出，黃世銘就任時舉手發誓指「如違背誓言，願受最嚴厲處分」，公務員應效忠國家而非效忠個人，黃世銘向馬總統報告沒有任何公益目的蘊含其中，他以憲法作為阻卻違法的事由，並不可採。，